La colección permanente de artefactos del Museo del 11-S, que sigue creciendo, conmemora y recuerda a los héroes que lucharon, sobrevivieron y dieron su vida durante los atentados del World Trade Center de 2001 y 1993. Es un depósito incomparable y conmovedor de objetos personales, pruebas materiales, testimonios y artefactos históricos que narran las trágicas historias de estos acontecimientos históricos. Los tipos de reliquias varían enormemente, desde botas de superviviente hasta tarjetas conmemorativas y de oración, tarjetas de identificación del WTC y mucho más.
Algunos de los artefactos más destacados son la bolsa de Patricia Fagan (descubierta un año y medio después), una empleada de la torre sur del World Trade Center que murió en los atentados; una carta roja que cayó de un avión secuestrado el 11 de septiembre, recogida de la calle por un empresario que huía y enviada a su legítimo destino (ahora forma parte de la colección); un rastrillo de mano utilizado por los trabajadores que buscaron restos humanos en la zona cero; y una colección de objetos recogidos en una vigilia posterior al 11 de septiembre, entre ellos una bandera que dice "sobreviviremos", un osito de peluche y una maqueta de las torres gemelas.
